吳文藻在離開北平前，已經(jīng)聯(lián)系好赴云南大學(xué)任教，薪酬由中英庚款董事會支付，項目是開辦“人類學(xué)講座”。中英庚款董事會給他指定了兩項任務(wù)：一是在校任教；二是為該會派來的科學(xué)工作人員做邊疆民族調(diào)查研究工作的指導(dǎo)。此時，吳文藻在社會學(xué)方面已有很高的聲望，他的到來對云大的建設(shè)將會產(chǎn)生重要的影響。云大專門致函中英庚款董事會，云：“吳文藻先生擔(dān)任教授一案，承貴會關(guān)懷，于困難之中，給予補助一年，許本校得良好師資，莘莘學(xué)子，后惠實深?！痹凇叭祟悓W(xué)講座”的基礎(chǔ)上，云大準備建立社會學(xué)系，校長熊慶來請吳文藻出任系主任，一切事全都拜托給他，并且請吳文藻以云大與云南建設(shè)為課題進行研究，提出云大辦學(xué)與云南建設(shè)的方略。

　　吳文藻除了做他的“人類學(xué)講座”、籌建社會學(xué)系之外，很是認真地對待熊慶來校長給他出的命題，思考如何辦好云大，如何為云南建設(shè)服務(wù)。恰在這時，《云南日報》《星期論文》欄目向他約稿，于是，吳文藻寫了《云南大學(xué)與地方需要》，洋洋灑灑幾千言，對云南的建設(shè)進言獻策。

　　自入滇兩年來，吳文藻確實像頭牛似的在低頭苦干，擔(dān)綱“人類學(xué)講座”，指導(dǎo)重慶中英庚款董事會派來的科研人員江應(yīng)梁、密賢璋，做邊疆民族調(diào)查與研究；籌建云大的社會學(xué)系，領(lǐng)導(dǎo)法學(xué)院的工作；同時還要關(guān)心燕大與云大的合作研究室等。還要負責(zé)熊慶來校長需要他出面打理的事情，常常外出，坐著飛機，或是小車，去成都、重慶、貴陽，忙個不停。由于吳文藻的熱心與名望，他還承擔(dān)了不少云南省人類社會學(xué)、民族學(xué)等方面的組織工作，比如，牽頭成立云南人類學(xué)會等等。

　　即使在戰(zhàn)爭的環(huán)境下，在承擔(dān)著繁重的教學(xué)、行政工作的情況下，吳文藻依然堅持他的研究。社會學(xué)學(xué)科的建設(shè)，于他來講是從多個方面進行的，他不是一個單純的專業(yè)人員，而是專業(yè)的領(lǐng)軍人物，不能因為組織工作而放松專業(yè)研究。他甚至認為，作為一個學(xué)科的帶頭人，必須走在專業(yè)人員的前面，在學(xué)科建設(shè)上寫出開創(chuàng)性的論文。吳文藻在1940年先后發(fā)表的《民主的意義》和《論社會制度的性質(zhì)與范圍》兩篇長篇論文，便極具開創(chuàng)性，給戰(zhàn)時的社會學(xué)研究輸進了新鮮的氣息和活力。

　　吳文藻受中英庚款董事會指派在昆明主持“人類學(xué)講座”，民族問題的調(diào)查與研究，便是題中應(yīng)有之義了。重慶中英庚款董事會派來的研究人員，也是在吳文藻的指導(dǎo)下，進行邊疆與民族的專題研究。用現(xiàn)在的話說，云南是一個少數(shù)民族分布聚居最多的省份，當(dāng)時無此共識，但是作為邊疆民族地區(qū)是無疑的。所以，吳文藻的“人類學(xué)講座”與他所指導(dǎo)的邊疆專題研究，都不能離開民族問題。他的《論邊疆教育》便是闡述了在邊疆不同民族中，如何進行普及教育的問題。尤其是燕大與云大的合作研究工作站，民族問題是其中一個主要的研究課題。為躲避日機的轟炸，這個工作站搬至呈貢，租下一棟三層樓的魁星閣，安營扎寨，開始了研究工作。在“魁閣”，費孝通將他在英國馬凌諾斯基門下學(xué)到的Seminar精神與方式引進，形成了“魁閣”精神，即“魁閣”成員每人都有一個選題，根據(jù)自己的選題到農(nóng)村社區(qū)或民族社區(qū)去做實地調(diào)查，之后，將調(diào)查的成果帶回，在“魁閣”展開充分的討論或爭論。費孝通也只是在關(guān)鍵之處作些點撥，作些理論的延伸與概括。吳文藻有時也參加“魁閣”討論，發(fā)表一些意見，但都是平等的，彼此可以討論，因為“魁閣”精神就是建立在自由與真理之上的。

　　這一切，本應(yīng)是正常的學(xué)術(shù)活動，而在戰(zhàn)時，就更加難能可貴了。但是，這些活動，尤其是民族的話題，令以“社稷”為重的傅斯年先生深感憂慮，正如他的侄兒傅樂成教授所言：“中國民族問題，孟真先生始終堅持著‘中華民族是一個’的原則。他認為中國民族自古至今經(jīng)常與外族同化，合成一體，中國境內(nèi)現(xiàn)雖仍有若干種族，但也正在同化混合的過程中，不足影響中國民族的整體性。他對某些學(xué)者的巧立名目，強分中國為若干民族，表示不滿。他認為政治固不應(yīng)支配學(xué)術(shù)，但如果某種學(xué)術(shù)對國家民族有危害的可能，政府應(yīng)加以取締?！惫唬旒因?、杭立武聽從了傅斯年的建議，中止了吳文藻在云大的“人類學(xué)講座”。吳文藻所言在云南遭傅斯年“排擠”“撤銷講座”“被迫離開云大”，指的就是此事。

　　1940年底，吳文藻離開云南抵達重慶，進入戰(zhàn)時國防最高委員會秘書廳參事室當(dāng)了參事，自然算是從政了。他分管的領(lǐng)域是民族、邊疆與教育，前兩項有相同之處，但由于處在戰(zhàn)時，民族與邊疆方面反映出的問題并不多，所以，開始幾年的精力基本都用在教育上。民國時期的許多官員都有學(xué)者的身份，吳文藻自不必說，本就是學(xué)者，現(xiàn)在從了政，本色依舊。但官員學(xué)者與學(xué)者官員還是有區(qū)別的，因為保持了學(xué)者的本色，也就可能與官場的本色不能融洽。吳文藻所在的國防最高委員會參事室，人數(shù)雖多，上班的人卻少，相對不那么復(fù)雜，但是有兩次，參事吳文藻當(dāng)了中央訓(xùn)練團黨政訓(xùn)練班的指導(dǎo)員，也讓他見識了官場。

　　1943年6月，還是戰(zhàn)事倥傯之際，國民政府中央設(shè)計局組織了一支由46個專家、學(xué)者組成的西北建設(shè)考察團，前往陜西、甘肅、寧夏、青海、新疆五省，進行國防與建設(shè)的考察設(shè)計，分為鐵路、公路、水利、農(nóng)林、教育、衛(wèi)生、民族、畜牧、墾殖、工礦等十二個部門，新疆監(jiān)察使羅家倫為團長，吳文藻被抽調(diào)參加，任務(wù)是負責(zé)以新疆民族問題為主的西北民族問題調(diào)查。吳文藻沒有跑遍五省，只到了甘肅、青海與新疆，而新疆是重點。在新疆，他單獨會見了“新疆王”盛世才。還“無意中知道美國領(lǐng)事Ceuld改駐迪化，曾應(yīng)晚飯約，系在燕京時舊識?！遍L達半年之久的考察，是吳文藻接觸與了解邊疆與民族的大好機會，也是一次經(jīng)費與條件十分優(yōu)裕的實地調(diào)查。根據(jù)臺灣解密的檔案，1943年11月17日，吳文藻、羅家倫與青海省主席馬步芳密談，主題是關(guān)于西藏問題及青海開墾與駐戶。11月26日，“吳文藻呈軍事委員會委員長蔣中正為報告考察青海情形”，從蘭州以密件發(fā)回重慶，并有團長羅家倫的報告。陳布雷摘要之后，同時呈蔣委員長。蔣閱后以紅藍劃線標志。（國民政府，藏政建議一，臺灣總統(tǒng)府解密檔案）

　　在重慶，吳文藻雖然從政，卻對官場文化不甚感興趣，對為官之道也不甚了了，仍心系教育，甚至還在懷念著當(dāng)老師的生活。而作為學(xué)校，則想利用吳文藻的關(guān)系，與政界、尤其是教育機構(gòu)產(chǎn)生聯(lián)系。所以，當(dāng)了參事的吳文藻，同時接受了燕京大學(xué)與云南大學(xué)駐渝代表的委托，幫助這兩個學(xué)校辦一些事情。兩個學(xué)校的駐渝代表，雖然都是義務(wù)的、不取任何報酬，但由于燕大與云大都是吳文藻為之付出過感情的學(xué)校，加上職位上的事情并不多，兩校若需要，他仍會竭盡全力。在他看來，這不僅是為學(xué)校辦事，也是保持了自己與學(xué)界的聯(lián)系，仍然可以從事社會學(xué)中國化的追求。顛簸于嘉廬與潛廬之間（吳文藻上班的日子住在重慶城里的嘉廬，周末回冰心和孩子們?nèi)粘＞幼〉母铇飞綕搹]），為著燕大也為著云大而忙的吳文藻，同時以著文來證實自己的學(xué)術(shù)追求。1941年底，吳文藻在《三民主義周刊》上連續(xù)發(fā)表兩篇文章，論述中國社會科學(xué)的基礎(chǔ)，一篇為《何以要建立中國社會科學(xué)的基礎(chǔ)》，另一篇為《如何建立中國社會科學(xué)的基礎(chǔ)》，是一個問題的上下篇。

1939年，吳文藻、冰心一家在云南昆明郊外呈貢的“華氏墓廬”（冰心稱為“默廬”）臨時住所。

　　1942年10月，燕京大學(xué)在成都復(fù)校，吳文藻冰心應(yīng)邀前往成都燕大參觀訪問，并做了題為《建立中國社會學(xué)的意義》的演講。成都復(fù)校的燕大社會學(xué)系代主任林耀華，也是吳文藻推薦的。此時，吳文藻的另一篇重要論文《邊政學(xué)發(fā)凡》已經(jīng)發(fā)表，師生二人曾經(jīng)為此作過一次徹夜長談（吳文藻是林耀華在燕京大學(xué)讀書時的老師）。吳文藻告訴林耀華昆明的有關(guān)情況，顧頡剛的《中華民族是一個》的發(fā)表與傅斯年取締“人類學(xué)講座”的批評與責(zé)難，當(dāng)時因為忙于搬家，對傅斯年的發(fā)難沒有進行反擊，同時因為“中華民族是一個”的觀點在國民政府及學(xué)界占據(jù)主導(dǎo)地位，正面進行批評或者展開爭論，尚不是時候。但是，據(jù)他所接觸的實際與費孝通等一批同學(xué)的田野調(diào)查，中國存在不同民族是客觀的、也是不可繞開的，不正視這個現(xiàn)實，就不能造就中華民族的安定與繁榮。現(xiàn)在因為是戰(zhàn)時，主要面對抗擊日本侵略者，但這只是暫時的，常態(tài)的中華民族如果處理不好各民族的關(guān)系，也會造成國內(nèi)局勢的非常態(tài)。林耀華認真拜讀過老師的文章，認為《邊政學(xué)發(fā)凡》跳過了不同民族的存在與否的爭論，直接進入對邊疆民族的治理，這是一個于理論很無奈，但對國家、民族有著重要實際意義的做法。

　　太平洋戰(zhàn)爭之后，日本侵略的戰(zhàn)線越拉越長，并與德、意結(jié)成同盟，意欲瓜分世界，同時，世界反法西斯的力量也日益壯大，以中、英、美為中心的“反法西斯聯(lián)盟”的形成，催生了勝利的曙光。重慶國民政府逐漸有可能騰出一些時間與精力，考慮戰(zhàn)后的教育等問題。1943年２月，以教育部政務(wù)次長顧毓琇為團長的中國教育代表團訪問印度，進行為期兩個月余的考察與訪問，團員有吳俊升、沈宗濂、吳文藻，秘書由顧毓琇的五弟顧毓瑞擔(dān)任。在這次考察、訪問中，吳文藻廣泛地接觸了印度的上層及社會各界，就印度社會的結(jié)構(gòu)、組織，基層的城鎮(zhèn)與村落，作了詳細的了解；針對印度以宗教為基本的社會形態(tài)，不僅收集了官方的統(tǒng)計、宗教社團提供的資料，而且進行了具體個案的考察。

　　吳文藻的另一次出訪，是到美國出席太平洋學(xué)會第九次年會。這次會議的主題脫離了他的專業(yè)，不是教育、不是民族與社會學(xué)，而是外交會議，也正是這一次的會議，對他戰(zhàn)后的人生選擇產(chǎn)生了直接影響。1944年底至1945年初，太平洋學(xué)會第九次年會在美國弗吉尼亞州溫泉小鎮(zhèn)（Warm Springs,Virginia）召開，參會的中國代表團團長是西南聯(lián)大校長蔣夢麟先生，團員與職員計有三十人，大多是在美國或國外的學(xué)者，從重慶專程飛來的有張君勱、錢端升、楊云竹、邵毓麟等人，吳文藻兼任秘書。這次會議的主題是“太平洋的和平與安全問題”，特別著重“戰(zhàn)后盟國對日管制問題”。行前，中央宣傳部部長王世杰曾有指示，以進步人士姿態(tài)出席會議，替國民政府爭取權(quán)利。

　　1945年5月6日，吳文藻回到重慶。此時，中華民國政府派出了以宋子文為團長的代表團，前往舊金山簽訂《聯(lián)合國憲章》，之后中、英、美首腦簽訂了《波茨坦公告》，敦促日本無條件投降。此時的中華民國因反法西斯戰(zhàn)爭取得的勝利在國際上揚眉吐氣。吳文藻回來后，國防最高委員會參事室的工作極多極忙，王寵惠任秘書長，政府的外交事務(wù)，多由這里提出與處理。戰(zhàn)事接近尾聲，外交顯得更加活躍，而浦薛鳳陪同王寵惠基本都在美國，參事室的事情自然就落到了吳文藻的肩上。對此，吳文藻有這樣的回憶，“45年五月一日返抵重慶。適值浦薛鳳隨王寵惠去美赴舊金山會議，返后，參事室工作，即由我主要負責(zé)，直至46年五月一日返還南京為止。總計在職約五年半中，實際著力工作，只有兩年多，而首要負責(zé)，只有一年光景。”在這期間，吳文藻接觸了一些重要的外交方面的事務(wù)。1945年這一年多的負責(zé)工作，吳文藻干得相當(dāng)出色，不僅受到政府的嘉獎，還受到蔣介石的集體接見。