1950年3月，在北京召開了中等教育會(huì)議。會(huì)議集中討論了中等教育的方針和任務(wù)，普通中學(xué)的性質(zhì)、任務(wù)、課程、教材和領(lǐng)導(dǎo)關(guān)系、公私關(guān)系，以及學(xué)生健康問題。

　　1950年6月，在北京召開了第一次全國中等技術(shù)教育會(huì)議。討論了中等技術(shù)教育的方針、學(xué)制、領(lǐng)導(dǎo)關(guān)系等問題。同月還召開了全國第一次高等教育會(huì)議。

　　1950年8月末9月初，在北京召開了第一次全國初等教育會(huì)議和第一次全國師范教育會(huì)議。討論了發(fā)展和建設(shè)初等教育和師范教育的方針、任務(wù)，改善小學(xué)教師的待遇，推行初等教育新學(xué)制的實(shí)施步驟等。

　　1950年9月，召開了第一次全國民族教育會(huì)議，馬敘倫為本次會(huì)議致開幕詞和閉幕詞。他指出：“少數(shù)民族的教育建設(shè)是新中國教育建設(shè)的重要部分，對于整個(gè)新中國的建設(shè)前途，有著重大的關(guān)系?！睍?huì)上，他建議各級政府設(shè)立民族教育行政機(jī)構(gòu)，并認(rèn)為“這是加強(qiáng)民族教育工作領(lǐng)導(dǎo)的關(guān)鍵問題”。會(huì)后，馬敘倫將此次會(huì)議的情況、問題，向政務(wù)院做了全面報(bào)告，并得到批準(zhǔn)。1952年4月16日政務(wù)院發(fā)出了《關(guān)于建立民族教育行政機(jī)構(gòu)的決定》。

　　新中國教育事業(yè)朝氣蓬勃地發(fā)展，沖擊著沿襲的舊制度、舊學(xué)制。在政務(wù)院領(lǐng)導(dǎo)下，馬敘倫主持和參加了新學(xué)制的研究和制定工作。他根據(jù)當(dāng)時(shí)國家建設(shè)實(shí)際需要，研究、吸收了我國教育工作的經(jīng)驗(yàn)，特別是老解放區(qū)的教育經(jīng)驗(yàn)，提出了改革意見。1951年11月1日，政務(wù)院發(fā)布實(shí)施《關(guān)于改革學(xué)制的決定》，新學(xué)制改正了原有學(xué)制的缺點(diǎn)，密切配合國家各項(xiàng)建設(shè)事業(yè)的需要，對各級各類學(xué)校的地位、年限和互相銜接關(guān)系，做出了新的規(guī)定，鑄造了新中國人民教育的基本格局、框架。

　　馬敘倫在教育部長任上，還有兩件載入教育史并為后人一再稱道的功勛。其一是高度重視師生健康問題；其二是順利收回教育主權(quán)，肅清帝國主義文化侵略的影響。

　　馬敘倫了解到學(xué)生學(xué)習(xí)負(fù)擔(dān)過重、健康受到影響的情況后，在參加中國人民政治協(xié)商會(huì)議第一屆全國委員會(huì)第二次會(huì)議期間，他及時(shí)向毛主席作了匯報(bào)。毛主席旋即手書“健康第一”。1950年6月19日，馬敘倫又得到毛主席函示：“各學(xué)校注意健康第一，學(xué)習(xí)第二。營養(yǎng)不足，宜酌增經(jīng)費(fèi)。學(xué)習(xí)和開會(huì)時(shí)間宜大減，病人應(yīng)有特別待遇。全國一切學(xué)校都應(yīng)如此?！瘪R敘倫得到了毛主席手書后，即領(lǐng)導(dǎo)教育部積極貫徹，立即組織調(diào)查研究，提出具體措施。一面在國家財(cái)政許可的情況下，盡力提高教育經(jīng)費(fèi)和學(xué)生的人民助學(xué)金；一面擬定和采取了以下辦法：一、調(diào)整學(xué)生日常學(xué)習(xí)及生活的時(shí)間；二、減輕學(xué)生課業(yè)學(xué)習(xí)與社團(tuán)活動(dòng)的負(fù)擔(dān)。三、改進(jìn)學(xué)校衛(wèi)生工作。四、注重體育、娛樂活動(dòng)。五、改善學(xué)生伙食管理辦法。六、學(xué)校經(jīng)費(fèi)的支配，應(yīng)適當(dāng)?shù)卣疹櫛＝」ぷ鞯男枰Ｔ谥芸偫淼年P(guān)懷下，還將這一問題提到了政務(wù)院第93次政務(wù)會(huì)議上。該會(huì)議討論通過了《關(guān)于改善各級學(xué)校學(xué)生健康狀況的決定》。

　　將外國教會(huì)學(xué)校和接受外國津貼的學(xué)校收歸國辦，奪回長期為帝國主義國家和宗教勢力所霸占的文化陣地，是一場維護(hù)國家教育主權(quán)的沒有硝煙的戰(zhàn)爭。斗爭是從中國政府接管輔仁大學(xué)開始的。1950年9月25日，馬敘倫代表教育部召見天主教羅馬教會(huì)駐輔仁大學(xué)代表芮哥尼談話，并發(fā)表書面談話，闡明了新中國的教育政策，并義正辭嚴(yán)地駁斥了其誣蔑中國干涉宗教自由的讕言，嚴(yán)正譴責(zé)教會(huì)進(jìn)一步侵犯中國人民教育主權(quán)的行徑。10月12日，馬敘倫就我國政府接管輔仁大學(xué)一事招待記者，再次發(fā)表書面談話，明令收回自辦是單純的教育主權(quán)問題，與宗教信仰毫無關(guān)系。1951年1月教育部召開“處理接受外國津貼的高等學(xué)校會(huì)議”，馬敘倫到會(huì)講話，重申中華人民共和國不允許外國人在境內(nèi)辦學(xué)的方針。會(huì)上確定了處理這類學(xué)校的原則、辦法和措施，首先集中力量解決那些接受美國津貼的學(xué)校的接收問題。會(huì)后有11所學(xué)校改為公辦；9所學(xué)校改為中國教育工作者完全自辦，仍維持自主，政府給以補(bǔ)助。

　　這是中國人民維護(hù)教育主權(quán)的重大勝利。馬敘倫自二十年代即提出收回教育主權(quán)的愿望，在人民取得政權(quán)后，終于夢想成真！他十分欣慰。在這場復(fù)雜而且政策性很強(qiáng)的斗爭中，馬敘倫準(zhǔn)確地把握并堅(jiān)決貫徹執(zhí)行了中共中央和政務(wù)院確定的方針政策，對取得斗爭勝利起到了重要作用。

　　此外，馬敘倫還領(lǐng)導(dǎo)教育部召開了社會(huì)教育、職業(yè)教育以及業(yè)余教育會(huì)議，舉辦了全國初等教育展覽會(huì)。

　　就這樣，馬敘倫主持的教育部，在黨中央和政務(wù)院的領(lǐng)導(dǎo)下，在舊教育可憐的爛攤子上，為了建立新中國“民族的、科學(xué)的、大眾的”文化教育，帶領(lǐng)全國師生，披荊斬棘，開拓前進(jìn)。短短三年的時(shí)間，馬敘倫領(lǐng)導(dǎo)教育部，研究和討論了總的教育方針和各級各類教育的方針、政策、發(fā)展方向，分門別類地制訂了一系列的指示、規(guī)程、決定、條例、方案、辦法等法規(guī)性文件。通過一系列會(huì)議和工作，達(dá)到了統(tǒng)一思想，明確任務(wù)，群策群力貫徹黨的教育方針政策的目的，也使人民教育事業(yè)從它起步開始就方向明確，有章可循，從而保證了各級各類教育事業(yè)的健康發(fā)展。恰如馬敘倫在《三年來中國人民教育事業(yè)的成就》中所說，“從根本上改變了舊中國半殖民地、半封建的教育狀況，整個(gè)國家的教育機(jī)關(guān)和教育事業(yè)，已經(jīng)是完全屬于人民，成為為人民服務(wù)的工具了”。人民教育事業(yè)的發(fā)展為我國大規(guī)模的經(jīng)濟(jì)建設(shè)和文化建設(shè)高潮準(zhǔn)備了重要的條件。

　　1952年12月，馬敘倫改任高等教育部部長，集中領(lǐng)導(dǎo)占有突出地位的培養(yǎng)高級建設(shè)人才的工作。

　　早在1950年6月，他就主持了第一次全國高等教育會(huì)議。在這次會(huì)議上確定了對舊的高等教育進(jìn)行堅(jiān)決改造、逐步實(shí)現(xiàn)的方針，包括對教育制度、領(lǐng)導(dǎo)體制、教育內(nèi)容、教學(xué)組織和教學(xué)方法的改革。高教會(huì)議后，馬敘倫和教育部領(lǐng)導(dǎo)各高校在這些方面做了大量的具體工作。其中帶有全局性的是院系調(diào)整。遵循“以培養(yǎng)工業(yè)建設(shè)人才和師資為重點(diǎn)，發(fā)展專門學(xué)院，整頓和加強(qiáng)綜合性大學(xué)”的方針，到1952年年底，全國已有四分之三的高等學(xué)校進(jìn)行了院系調(diào)整并開始有計(jì)劃地開展專業(yè)科系設(shè)置工作。1953年院系調(diào)整的重點(diǎn)仍是“著重改組舊的龐雜的大學(xué)，加強(qiáng)和增設(shè)工業(yè)高等學(xué)校，并適當(dāng)?shù)卦鲈O(shè)高等師范學(xué)校；對政法、財(cái)經(jīng)各院采取適當(dāng)集中?！闭{(diào)整工作的部署，“以中南地區(qū)為重點(diǎn)”，華北、華東三區(qū)主要進(jìn)行專業(yè)調(diào)整。西南、西北兩區(qū)進(jìn)行局部的院系或?qū)I(yè)調(diào)整。又經(jīng)過半年多的工作，院系調(diào)整基本完成。我國的許多省份都有一所綜合性大學(xué)并設(shè)有工、農(nóng)、醫(yī)、師等專門學(xué)院；幾所大學(xué)已改造成為多學(xué)科的工業(yè)大學(xué)；在高等工科院校中，基本建成機(jī)械、電機(jī)、土木、化工等主要工科專業(yè)比較齊全的系，設(shè)置了294種專業(yè)，其中工科137種。由此開始改變了舊中國不能培養(yǎng)比較配套的工程技術(shù)人才的落后狀況。在當(dāng)時(shí)歷史條件下，它不但從根本上改變了原來大學(xué)設(shè)置混亂、系科重疊、教學(xué)脫離實(shí)際的狀況，而且能按照國家建設(shè)的需要，有計(jì)劃地培養(yǎng)各項(xiàng)專門人才，為各方面建設(shè)事業(yè)服務(wù)。

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