1942年，正值抗日戰(zhàn)爭(zhēng)中期，也是蔣介石掀起第二次反共高潮的時(shí)期。許崇清鼓勵(lì)青年站在時(shí)代的前頭，以堅(jiān)定和強(qiáng)干去實(shí)踐去創(chuàng)造我國(guó)文化的新階段。他教育青年，學(xué)習(xí)不要好高騖遠(yuǎn)，不要對(duì)經(jīng)驗(yàn)的科學(xué)還未摸著頭緒，就高談其哲理。批評(píng)有些人輕視我國(guó)歷史文化遺產(chǎn)，甚至連中國(guó)語(yǔ)文也不肯下功夫。寫文章，錯(cuò)別字連篇，卻自命“巨子”，武斷鄉(xiāng)曲，這副臉皮令人難看。

　　1944年底，日本侵略軍進(jìn)攻韶關(guān)一帶。許崇清攜帶家屬撤退到連縣三江鎮(zhèn)。稍后，中山大學(xué)一部分師生亦由坪石突圍到這里，設(shè)立了中大連縣分教處。于是，在抗日戰(zhàn)爭(zhēng)最困難而又最臨近勝利的時(shí)刻，他又和中山大學(xué)聯(lián)系在一起了。許崇清在他的臨時(shí)住所里，以床板為書桌，為逃難到來(lái)的學(xué)生授課。當(dāng)時(shí)連縣已成為日軍四面包圍的孤島，隨時(shí)都有淪陷的危險(xiǎn)，但他終于在這里迎來(lái)了抗戰(zhàn)勝利。

　　1945年10月初，許崇清和他的家人回到了久別的故鄉(xiāng)——廣州。1946年，中國(guó)革命進(jìn)入了解放戰(zhàn)爭(zhēng)時(shí)期，爭(zhēng)取政治自由與文化自由成為國(guó)民黨統(tǒng)治區(qū)人民的呼聲。1946年，他當(dāng)時(shí)在廣州復(fù)刊的《新建設(shè)》雜志上發(fā)表了《自由底涵義與文化底自由》一文，論述了政治民主與文化自由的關(guān)系，認(rèn)為真正的徹底的民主社會(huì)，才能保證文化的自由，批評(píng)了當(dāng)時(shí)中國(guó)的專制統(tǒng)治。這個(gè)刊物仍是以他的名義主編的，登載了許多進(jìn)步學(xué)者的文章。這一年，《新建設(shè)》被迫?？?。

　　1946—1948年期間，許崇清雖仍掛有空頭職銜，但實(shí)際上是做教學(xué)和研究工作。他接受中山大學(xué)和江蘇社會(huì)教育學(xué)院的聘請(qǐng)，講授教育哲學(xué)和哲學(xué)概論，經(jīng)常來(lái)往于廣州、上海、蘇州、南京之間，并支持學(xué)生的“反內(nèi)戰(zhàn)”運(yùn)動(dòng)。

　　1948年，許崇清在中山大學(xué)教育研究所出版的《教育研究》上，發(fā)表了《人類底實(shí)踐與教育底由來(lái)》，這篇論文是他長(zhǎng)期以來(lái)對(duì)教育的本質(zhì)進(jìn)行深入研究的成果。學(xué)者認(rèn)為，他的論述“發(fā)展了馬克思主義教育哲學(xué)”。

　　1949年初，許崇清離開廣州到香港。他在香港《文匯報(bào)》發(fā)表了《教育的過(guò)去與將來(lái)》等文章。中華人民共和國(guó)成立時(shí)，他參加了港九教育工作者的慶祝大會(huì)，并呼吁華南教育工作者“堅(jiān)決和人民結(jié)合在一起，為建設(shè)統(tǒng)一、獨(dú)立、繁榮、民主的新中國(guó)而斗爭(zhēng)”。還發(fā)表了《迎接新中國(guó)教育工作者底新方向》的文章。

　　是年11月，許崇清回到解放后的廣州，任廣州市人民政府委員，并接受了廣東省軍事管制委員會(huì)的指派，接管私立廣州大學(xué)，并擔(dān)任了該校校長(zhǎng)。

　　1950年6月，許崇清赴北京出席了第一次全國(guó)高等教育會(huì)議。

　　此后，許崇清歷任全國(guó)人大代表、全國(guó)政協(xié)委員、廣東省副省長(zhǎng)，擔(dān)任中山大學(xué)校長(zhǎng)直至逝世。

　　中山大學(xué)的校慶原為11月11日，這是該校建立時(shí)誤認(rèn)為這一天是孫中山生辰所致。許崇清上任后建議將中大校慶日改為11月12日真正的孫中山誕辰這一天，經(jīng)宋慶齡同意而實(shí)行。

　　1952年10月高等院校進(jìn)行院系調(diào)整。中山大學(xué)調(diào)整成為一所以文、理科為主的綜合性大學(xué)，由廣州市東郊石牌遷到南郊康樂(lè)，許崇清繼續(xù)任校長(zhǎng)。

　　此后，在繁忙的行政工作和政治活動(dòng)中，他還堅(jiān)持學(xué)術(shù)研究。1956年，在中山大學(xué)第三次科學(xué)討論會(huì)上，許崇清作了《人的全面發(fā)展的教育任務(wù)》的研究報(bào)告。這篇報(bào)告以辯證唯物論觀點(diǎn)深刻地闡明了“人的全面發(fā)展”的含義，分析批判了國(guó)內(nèi)外有關(guān)這個(gè)問(wèn)題的各種錯(cuò)誤解釋。這篇報(bào)告引起中國(guó)教育界的重視，當(dāng)時(shí)學(xué)術(shù)界有人認(rèn)為，這是新中國(guó)建立以來(lái)最有戰(zhàn)斗性和科學(xué)性的教育論著。也有人認(rèn)為，這是許祟清晚年的一篇最成熟的重要論著。

　　1958年對(duì)于當(dāng)時(shí)開展的“教育革命”，他從哲學(xué)的角度提出了自己的見(jiàn)解，認(rèn)為這是解決人民教育發(fā)展過(guò)程中內(nèi)部矛盾的問(wèn)題，應(yīng)采取“漸進(jìn)”形式進(jìn)行，不贊成那時(shí)的政治運(yùn)動(dòng)的方式。

　　許崇清具有堅(jiān)持不懈的學(xué)習(xí)精神，活到老，學(xué)到老，即使到了晚年，仍堅(jiān)持閱讀各種學(xué)術(shù)著作。他常從馬克思、恩格斯的德文原著中，找出一些句子，指出我國(guó)當(dāng)時(shí)有些譯本里的翻譯錯(cuò)誤以至由此而造成的理解錯(cuò)誤。

　　他對(duì)國(guó)內(nèi)外大事一直密切注視，曾發(fā)表支持美國(guó)黑人反對(duì)種族歧視的聲明。他在60年代初期的時(shí)事學(xué)習(xí)筆記中，就曾對(duì)蘇聯(lián)未來(lái)10年面臨的問(wèn)題，提出了自己的看法，指出：如果不采取“斷然行動(dòng)來(lái)改進(jìn)全國(guó)的農(nóng)業(yè)，調(diào)整緩慢的工業(yè)增長(zhǎng)以及促進(jìn)消費(fèi)品的生產(chǎn)”，而堅(jiān)持走“偏重軍事和基礎(chǔ)工業(yè)，加強(qiáng)它在征服宇宙空間方面的建立威信的計(jì)劃”，則會(huì)產(chǎn)生嚴(yán)重的后果。

　　他酷愛(ài)藝術(shù)和體育，直到晚年還經(jīng)常到劇院欣賞各種演出。1964年，76歲的許崇清曾參加廣州市群眾攀登白云山的活動(dòng)。他有一手好書法，字跡清秀有力，是華南有名的書法家之一。

　　許崇清于1952年8月15日加入中國(guó)民主促進(jìn)會(huì)。他是民進(jìn)廣州市委會(huì)的第一任領(lǐng)導(dǎo)人。他對(duì)會(huì)務(wù)工作極端認(rèn)真負(fù)責(zé)，為民進(jìn)廣州市委會(huì)的建設(shè)，為黨的統(tǒng)一戰(zhàn)線，作出了貢獻(xiàn)。他十分懷念在臺(tái)灣的教育界老朋友和中山大學(xué)校友，曾多次向臺(tái)灣教育界人士發(fā)表談話，盼望能與他們一道為發(fā)展中華民族的文化教育事業(yè)貢獻(xiàn)力量。

　　1969年3月14日，許崇清病逝于廣州，終年82歲。

　　1988年1月，廣東教育界和學(xué)術(shù)界舉行紀(jì)念許崇清誕辰一百周年大會(huì)，與會(huì)者將他譽(yù)為“新教育學(xué)和新中國(guó)高等教育的奠基人之一”。